З 1-го вересня 2017 року фізико-математичний факультет Ніжинського університету реорганізовано у навчально-науковий інститут точних наук і економіки. Вперше за всю історію Ніжинської вищої школи у складі університету з’явився підрозділ, діяльність якого зосереджена не тільки на підготовці фахівців, а й на дослідницькій діяльності. З цією метою крім трьох кафедр, які інститут успадкував від фізико-математичного факультету, створено дві науково-навчальні лабораторії. Тепер структура інституту є такою:

• Кафедра математики та економіки
• Кафедра інформаційних технологій і аналізу даних
• Кафедра фізики
• Навчально-наукова лабораторія освітньої агналітики
• Навчально-наукова лабораторія ІЧ-спектроскопії

Місія інституту – піднесення на якісно новий рівень наукової діяльності, тісна інтеграція наввчання та наукових досліджень під час підготовки фахівців з вищою освітою, впровадження нових підходів і методів викладання та наукової роботи, інтернаціоналізація -відповідно до глобальних викликів, що постають перед освітою і наукою в 21 столітті.